ここは、今も忍者が舞台で活躍する世界。しかし、昔とは異なり、今日の忍者は主に富裕層や政治家に仕えていて、彼らの怪しい行為を手助けしているが、信仰を失った忍者は悪忍と呼ばれている。増大する邪悪な寛容の勢力と戦うために、政府は優しさと寛容を養う場として半蔵学園を設立した。無邪気で活発なほむら（CV：喜多村英梨）、貧しい生まれながら人並み外れた意志の強さをもつ永（CV：芽野愛）、見た目は子供だが実は寡黙なヒカゲ（CV：白石涼子）。自分の体型を気にするミライ（CV：後藤沙緒里）と、根暗でずる賢いけど実は母性溢れるハルカ（CV：豊口笑）、この5人が学校で出会った