これは古典的なアメリカの漫画です。ある日、工場から漏洩した有毒化学物質がニューヨーク市の地下水路に流れ込み、その化学物質によって4匹の小さなカメが遺伝子変異を起こし、人間のように立って歩ける人間型のカメに変わってしまったのです。ヴィンチ、ラファエル、ドナテロ、そして優れた忍術を持った日本の忍者であるスプリンターも、これらの物質への曝露により人型のネズミに変わってしまいました。タートルたちはスプリンターを師と崇め、忍術やカンフーを学び、テレビレポーターのファン・バオアーやエマの協力を得て、地下に住んで世界を支配しようとするクラアンやその手下・シュレーダーと次々と戦っていく。闘争。