英国政府はシャークネードの英雄フィン・シェパードをシャークネードとの戦いに関するハイレベル会議に招待する。しかし、彼の友人のノヴァはこの時点で、サメに対する人類の祖先の秘密を探るためにストーンヘンジに行くよう緊急に連絡しました。二人は謎の洞窟でアーティファクトを手に入れるが、それが思いがけず大規模な嵐を引き起こし、空からは無数のサメが降ってきて、世界中で災害が続発した。フィンとノヴァはサイボーグの妻エイプリルと幼い息子ギルと一緒に戦うために急いで戻ります。しかし、嵐はあまりにも激しく、ノヴァはギルを守ることができず、嵐に飲み込まれてしまいました。フィンとエイプリルは取り乱し、息子を救うためにあらゆる手段を講じて嵐の中へ進入しようとした。彼らは嵐に乗ってスイス、オーストラリア、ブラジル、イタリア、そして日本に運ばれたが、どこに行っても悲劇と混乱があった。この頃、海洋の核廃棄物汚染によって突然変異したサメが凶暴化し、フェンの家族や友人が次々と殉教し、悪い知らせが相次いだ。傷心の夫婦はどこへ行くのか、そしてどうやって災害の継続を防ぐのか？