「魔法少女イリヤ シーズン3」は、スオクンハラ学園に通う普通の女の子イリヤが、ある日、人造天然エルフを名乗る魔法のルビー万華鏡スタッフに出会い、地球に強制的に連れてこられるというストーリー。そして魔法少女イリヤとなった。この時、彼女はルビースターの所有者であり、万華鏡の杖の元の所有者である魔術師遠坂凛の奴隷となり、彼の命令によりクラスカードの回収を手伝うことになった。