学校音楽会の発表会に向けて、のび太は苦手なリコーダーを一生懸命練習しました。そんなとき、のび太の前にミジアという謎の宇宙人少女が現れ、のび太が奏でる調子の狂った笛の音が気に入ったため、ミジアはドラえもんたちを音楽をエネルギーとする異星・宮殿へと案内した。音楽の。そんな時、世界から音楽を消す謎の生命体が突如襲来し、地球は危機に陥る…！ドラえもんたちは音楽の未来と地球の危機を救うことができるのか？