明鎮大学病院の人気は急落し、破産の危機に瀕している。この瞬間、有能で勇敢な医師、鬼頭生子（夏木マリ）が白衣を脱ぎ、明真大学の学長となった。医療、研究などの抜本的な改革を断行し、医龍チームの重要メンバーである朝田龍太郎（坂口憲二）や加藤晶（稲森いずみ）をはじめとする優秀な人材を積極的に導入し、医療・研究の発展を期した。ミンジェン 日本初の小児心臓移植手術を完了。龍太郎の提案で、怪我に苦しんでいた藤吉圭介（佐々木蔵之介）と荒瀬紋次（阿部高史）が続々とチームに復帰し、さらに、伊集院塔（小池徹平）もチームに復帰。かつて所属していたメディカルドラゴンチームのゴールドラインナップが完全復活。真摯な理想を掲げる医師団は、果たして目的を達成できるのか？