物語の背景は、徳川慶喜が政権を握った明治64年のもう一つの日本。この国はエネルギー源「龍脈」に依存し、江戸と科学が融合した独自の発展を遂げていた。しかしその繁栄の裏で、反体制組織「スネーク」が革命の火を焚いていた。徳川政府は彼らを追放する秘密組織「鵺」を任命した。主人公・雪村小葉は、幼い頃に家族を皆殺しにされ、「鵺」の処刑人として復讐のため直目を探し続けていた…。