青い髪の男性主人公は深井アオ（フカイ・アオ、この名前は日本語で「紺」を意味します）と名付けられ、13歳の少年です。アオの父レントン・サーストン（レントン・サーストン）は行方不明、母エウレカ（エウレカ）は10年前に米軍に連れ去られた。母親の特殊な遺伝子を受け継いだため、直径20nmの光の粒子や赤外線、紫外線など人間の目には見えないものを見ることができる（ただし、この特殊な生理機能は宇宙空間に限定される）。幼い頃、診療所の老医師・深井俊夫と同居しており、現在はジェネレーションブルーに所属している。ヒロインの名前はアラタ・ナルで、彼も13歳で、チンの幼なじみで一緒に育った恋人です。ナルは幼少期の事故がきっかけで、「ユ」（沖縄の占い専門霊能者の名前・ヨーダ）の力を持つ目が目覚めた。ナルはコーラルロックの声を理解できる特殊な能力を持っているが、それは彼女の体にコーラルロックの一部が部分的に融合しているためである。彼女は子供の頃から体が弱く、酸素吸入器を手に酸素を吸入する必要がある。彼は現在、父親、妹、祖母と暮らしている。本作の舞台も沖縄の岩戸島で、当時、岩戸島では自治権回復の動きが進んでいたが、ある日、島に現れたサンゴ岩が宿敵ホワイトセルの襲撃を受ける。 G-Monster 岩戸島を守るため、男性主人公アオが人型飛行物体IFOと出会い、G-Monsterと戦う物語が始まる。