日本の戦国時代にも、さまざまな名前に属する忍者集団が暗闘を繰り広げていました。明るい月夜、伊賀忍者のヤマタ（演：三玄正宗）、陣内（演：柏原収史）、ネズミ達がスパイ任務中に偶然敵と衝突した時、突如空に巨大な何かが浮かんだ。火の玉はみんなを驚かせた。村に戻ったイエマタイは、リーダーの指示のもと、火の玉の真相を探るため森へ向かう。途中、同じ派閥に所属するリンリン（ツイ・ミカ演じる）とその仲間たちに出会い、共に歩むことになる。その結果、深い森の中で、伊賀忍者たちは未知の生き物に襲われました。相手は機敏かつ致命的で、忍者たちは次々と殺されていった。イェマタイ、ジンネイ、リンリンらは偶然逃げ延びたものの、異星人が凶暴に増殖していることを知らなかった。一時は伊賀の里では猛毒が盛られ、邪馬台国らもかつてない試練に見舞われることになるが…。