東京は占領されて復興され、戦争が始まった。 謎の少年・スティグマのいる「アマラリルク」と戦いを経て小さくしたシャイ。 日本に戻ってきた他の女が出会ったのは、忍者の里から家出中という女・天王寺暧だった。 その少女は「甘利リカ」のメンバーであり、彼女を追う人物だった。 日本・東京で突然、黒い球の消失と黒い球の消失事件が発生した。ヒーロー達 東京を救出するため派遣する――。