IGN によると、『NieR:Automata Ver1.1a』はシーズン2の制作が決定し、シーズン2のトレーラーが公開されたとのこと。西暦5012年。突如地球に侵攻してきた異星人と、彼らが生み出した機械生命体により、人類は滅亡の危機に瀕していた。唯一残った人類は月へ逃げ、地球を取り戻すために人造兵士を使って反撃を開始した。 しかし、無数の機械生命体が行く手を阻み、戦争は膠着状態に陥った。 人類は最終兵器として、新型の人造人間「ヨルハ」部隊を地球に派遣した。地球に派遣された「2B」は、指導的捜査官「9S」と再会し、共に任務を遂行するが、その途中で数々の不可解な現象に遭遇する…。