科学者のベン（ザック・ガリフィアナキス）は、ハイテク手段を使ってモルモットに話し、考えるように訓練し、エージェントに訓練する米国政府の秘密部門に所属しています。しかし、ベンの部署は FBI によって閉鎖される危機に瀕しており、ベンとモルモット捜査官の能力を証明するために、ベンはモルモット捜査官チームの責任者であるダーウィン (声: サム・ロックウェル) にサイバーリン インダストリーズに潜入するよう命じた。 CEOのロナルド・セイバー(ビル・ナイ)の事務所は、ロナルドが軍事目的に使用できるハイテクチップを中東諸国に販売したという証拠を探している。ダーウィンはそれを怠らず、ブラスト（吹き替え：トレイシー・モーガン）、フアレス（吹き替え：ペネロペ・クルス）、フライ・モチ、スパークス（吹き替え：ニコラス・ケイジ）などを連れて行動を開始した。このモルモットエージェントのグループは規模は小さいですが、独特のスキルを持っており、ロナルドのオフィスに侵入し、重要な情報をダウンロードすることに成功しました。しかし、この冒険はまだ始まったばかりです...