科学技術が高度に発達した未来の世界で、繁栄と退廃の都市マルドゥクは酩酊と放蕩の日々を送っていた。数千人から慕われる美しく甘えん坊な少女ルーン・バロット（CV：林原えみ）は、カジノ経営者のシェール（CV：中井和哉）からすべてを与えられてきたが、自分の正体を探りたいという欲求を抑えることができない。彼女の考えは横暴なシェールを怒らせたようで、それが彼女の死につながった。危機一髪、犯罪捜査官ウフコック博士（声：サピエンス八島）に救出されたバロットは、マルドゥク緊急令09号の保護と許可のもと、法律で禁止されている特殊能力を身につける。ウフコックは少女の手を利用してシェールでの一連の犯罪を暴きたいと考えている。彼女にとって、これは危険な旅に他なりません... この映画はオキ・ファンディングの SF 小説を原作としたもので、「ガール・イン・ザ・シェル」三部作の第 1 部です (残りの 2 部は「Burning」と「Pathway」です) ").ガス")。