物語はトランスフォーマーの故郷であるサイバトロンを舞台に、オートボットのリーダー、オプティマス・プライム（声：クリス・ヘムズワース）とディセプティコンのリーダー、メガトロン（ブライアン・タイリー・ヘンリー）の若者たちの物語を描いています。ブライアン・タイリー・ヘンリーの声）兄弟から敵に変わり、サイバトロンのための長期にわたる戦争が始まります。