物語の舞台は興源市という小さな都市です。 市内の獅子尾山に、色とりどりの光を放つ巨大な物体が建っている。「モノコーナー」と名付けられたその物体は、16年前の「怪物の角」事件後に実際に存在していた。 世界中で同時にモンスターが出現するイベント「モンスターデイ」以降、モンスターによる災害が日常茶飯事となり始めた。日本の地球防衛軍が怪獣対策に武力行使を開始する一方、怪獣科学捜査予防センター（SKIP科学怪獣調査予防センター）も怪獣の発生と拡大を防ぐため、各地で科学調査と避難活動を続けていた。モンスター災害のガイド。同団体は現在も市内に「モンスターの日」と「モノコーナー」が出現した理由を調査している。 わずか7歳の「ユマ」は両親とともに獅子尾山でキャンプ中に怪物に襲われ、奇跡的に無傷で生き残った。これを機に「ユウマ」はモンスター生物学を研究する道を歩み始める。辛い過去を持ちながらも夢を失わず、「想像力」を頼りに成長してきたユマは新米捜査官として「SKIP」に所属し、興遠市支部に配属された。 この時、興遠市では大規模な怪物災害が発生した。 「目の前の絶望的な人々を守りたい！」 その強く真っ直ぐな想いが心の中に浮かんだ瞬間、「ユマ」の脳裏にかつて見た光の使者「ルーティアン」が現れた。 「私はあなた、あなたは私…想像力を解放してください！」手に現れた謎の光がユマの体を包み、解放された想像力が光と人を結びつける。未来を守る光の巨人「ウルトラマンアーク」が変身！遊馬とウルトラマンアケは、大切なパートナーとともに、終わらない夢を追い、これから走り出す！