CIA の対テロ作戦は終わりに近づいており、ジョー (ゾーイ・サルダナ)、ケイトリン (ニコール・キッドマン)、バイロン (マイケル・ケリー) は新しいエージェントを採用し、これまで知られていなかった脅威に飛び込みましょう。各方面からの圧力が高まる中、ジョーはプロジェクト・ライオネスのリーダーとして、多大な個人的犠牲を払わなければなりません。